目前的加氫裂化工藝絕大多數都采用固定床反應器，根據原料性質、產品要求和處理量的大小，加氫裂化裝置一般按照兩種流程操作：一段加氫裂化和兩段加氫裂化。除固定床加氫裂化外，還有沸騰床加氫裂化和懸浮床加氫裂化等工藝。
① 固定床一段加氫裂化工藝
一段加氫裂化主要用于由粗汽油生產液化氣，由減壓蠟油和脫瀝青油生產航空煤油和柴油等。 一段加氫裂化只有一個反應器，原料油的加氫精制和加氫裂化在同一個反應器內進行，反應器上部為精制段，下部為裂化段。
以直餾柴油餾分（330～490℃）一段加氫裂化為例。原料油經泵升壓至16.0MPa，與新氫和循環氫混合換熱后進入加熱爐加熱，然后進入反應器進行反應。反應器的進料溫度為370～450℃，原料在反應溫度380～440℃、空速1.0h、氫油體積比約為2500的條件下進行反應。反應產物與原料換熱至200℃左右，注入軟化水溶解NH3、H2S等，以防止水合物析出堵塞管道，然后再冷卻至30～40℃后進入高壓分離器。頂部分出循環氫，經壓縮機升壓后返回系統使用；底部分出生成油，減壓至0.5MPa后進入低壓分離器，脫除水，并釋放出部分溶解氣體（燃料氣）。生成油加熱后進入穩定塔，在1.0～1.2MPa下蒸出液化氣，塔底液體加熱至320℃后進入分餾塔，得到輕汽油、航空煤油、低凝柴油和塔底油（尾油）。一段加氫裂化可用三種方案進行操作：原料一次通過、尾油部分循環和尾油全部循環。
② 固定床兩段加氫裂化工藝
兩段加氫裂化裝置中有兩個反應器，分別裝有不同性能的催化劑。第一個反應器主要進行原料油的精制，使用活性高的催化劑對原料油進行預處理；第二個反應器主要進行加氫裂化反應，在裂化活性較高的催化劑上進行裂化反應和異構化反應，最大限度的生產汽油和中間餾分油。兩段加氫裂化有兩種操作方案：第一段精制，第二段加氫裂化；第一段除進行精制外，還進行部分裂化，第二段進行加氫裂化。兩段加氫裂化工藝對原料的適應性大，操作比較靈活。
③ 固定床串聯加氫裂化工藝
固定床串聯加氫裂化裝置是將兩個反應器進行串聯，并且在反應器中填裝不同的催化劑：第一個反應器裝入脫硫脫氮活性好的加氫催化劑，第二個反應器裝入抗氨、抗硫化氫的分子篩加氫裂化催化劑。其它部分與一段加氫裂化流程相同。同一段加氫裂化流程相比，串聯流程的優點在于：只要通過改變操作條件，就可以最大限度的生產汽油或航空煤油和柴油。
④ 沸騰床加氫裂化
沸騰床加氫裂化工藝是借助于流體流速帶動一定顆粒粒度的催化劑運動，形成氣、液、固三相床層，從而使氫氣、原料油和催化劑充分接觸而完成加氫裂化反應。該工藝可以處理金屬含量和殘炭值較高的原料（如減壓渣油），并可使重油深度轉化。但是該工藝的操作溫度較高，一般在400～450℃。
⑤ 懸浮床加氫裂化工藝
懸浮床加氫裂化工藝可以使用非常劣質的原料，其原理與沸騰床相似。其基本流程是以細粉狀催化劑與原料預先混合，再與氫氣一同進入反應器自下而上流動，并進行加氫裂化反應，催化劑懸浮于液相中，且隨著反應產物一起從反應器頂部流出。
